中国大运河博物馆位于杭州市拱宸桥地区，西侧是古老的拱宸桥。博物馆建筑风格总体定位∶ “传统而不复古” 。

博物馆以一层为主，局部二层，并有部分地下室。首层主要是博物馆常规展示部分，共四个厅，一条展廊，二层主要是资料室，视听室，办公室，另有半景展厅等。

中国大运河博物馆展览区共分五个展厅，有《地球上的运河、中国大运河》，《运河的开凿与变迁》和《运河文化》等。

各展厅通过图片、实物、模型等形式，展示和解释大运河丰富的自然人文景观。

中国大运河博物馆不是一座单纯的、普通意义上的博物馆。它一方面是一个全方位、多角度反映和展现运河自然特性、人文精华等各个方面的大型博物馆，另一方面又是运河文物、文献资料等的征集、收藏中心和运河文化的研究和展示中心。

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